CS5以降では、定規が3種類に増えた関係で、CS4以前と同じ操作をしても、パターンの位置が変わりません（正確には、CS4から2種類に増えているんですが、操作にはあまり影響しないので、注意すべきはCS5以降です）。パターンのタイリングが定規の原点でコントロールできるというのは変わらないのですが、これができるのは特定の定規に限られるうえ、デフォルトではオフになっているため、そちらに切り替えない限り、いつまでも変更できないという状態になっています。バグじゃないのはよかったんですが、正直ちょっと使いづらいですね……。せめて見た目で判別つくようになってるとありがたいんですが。

定規の使い分けがきっちりできてないと、アートボードの縦横いれかえただけでなんか原点変わるんだけど、みたいな現象にも毎回振り回されることになるので、定規すっごい大事です。

パターンはパスに変換（拡張）できるので、心配な場合はその処理をやってしまうのが一番です（ただし、あまりにも複雑なパターンで拡張によって落ちるくらい複雑なパスになってしまう場合は、ラスタライズのほうが吉）。クリッピングマスクも気になるっていう場合は、パターンの構成状態によってはさらなる単純化もできますが、そういった処理はケースバイケースなので、『Photoshop＋Illustrator デザインジャーナル』が詳しいです。